生物質鍋爐跟一般鍋爐一樣，用的時間長便會出現水垢。水垢的傷害還是不可小覷的，起先消耗燃料、降低鍋爐熱效，鍋爐結有水垢時，使鍋爐遇熱面的熱傳導特性下降，燃料點燃所釋放的發熱量不可以傳送到鍋爐水里，很多的發熱量被煙塵帶去，導致排煙系統溫度上升，排煙系統熱損害提升，鍋爐的熱效降低。

次之，危害鍋爐安全性運作，鍋爐水垢經常形成在耗熱量很高的鍋爐遇熱表面。因水垢傳熱性能很差，造成金屬材料壁厚部分溫度大大的上升。當溫度超過了金屬所能承擔的容許溫度時。金屬材料因超溫而應力松弛，抗壓強度降低，在鍋爐壓力下，金屬材料會產生起包、破孔和裂開、危害生物質鍋爐安全性運作。并且水垢會降低鍋爐負荷率；鍋爐積垢后，因為導熱性下降，要達鍋爐額定值年降雨量或額定值產發熱量，必須多耗費燃料。但伴隨著積垢薄厚的提升，及其爐內容量的爐排片總面積是固定不動的，燃料耗費受限制，因而鍋爐的負荷率便會降低。